(1) 中国高校科技期刊优秀团队(中国高校科技期刊研究会颁,2017年11月)
(2) 中国高校优秀科技期刊(中国高校科技期刊研究会颁,2016年10月)
(3) 全国高等农业院校学报优秀团队奖(全国高等农业院校学报研究会,2013年6月)
(4) 首届中国高校科技期刊优秀网站(中国高校科技期刊研究会颁,2011年9月)
(5) 全国高校科技期刊优秀编辑质量奖(中国高等学校自然科学学报研究会颁,2009年10月)
(6) 云南期刊评选改革创新奖(云南新闻出版局颁,2009年8月)
(7) 全国高校优秀科技期刊评比二等奖(教育部科技司颁,2004年8月)
(8) 首届《CAJ-CD规范》执行优秀期刊奖(《中国学术期刊(光盘版)检索与评价数据规范》执行评优活动组织委员会、中国学术期刊(光盘版)编辑委员会颁,2003年4月)
(9) 全国优秀高校自然科学学报及教育部优秀科技期刊一等奖(中华人民共和国教育部颁,1999年7月)
(10) 云南省第二届优秀科技期刊(云南省科委、云南省委宣传部、云南省新闻出版局颁,1997年8月)
(11) 全国高校优秀自然科学学报一等奖(国家教育委员会科学技术司颁,1995年12月)
(12) 云南省高校自然科学学报优秀学报一等奖(云南省教育委员会颁,1995年7月)
(13) 云南省首届优秀科技期刊(云南省科学技术委员会、中共云南省委宣传部、云南省新闻出版局颁,1992年11月)
(14) 全国高校自然科学学报优秀编辑质量三等奖(国家新闻出版署期刊司、国家教委科技司颁,1989年11月)
(15) 云南省高校自然科学学报优秀编辑质量二等奖(云南省教育委员会颁,1989年5月)