(1) 中国高校科技期刊优秀团队（中国高校科技期刊研究会颁，2017年11月）

(2) 中国高校优秀科技期刊（中国高校科技期刊研究会颁，2016年10月）

(3) 全国高等农业院校学报优秀团队奖（全国高等农业院校学报研究会，2013年6月）

(4) 首届中国高校科技期刊优秀网站（中国高校科技期刊研究会颁，2011年9月）

(5) 全国高校科技期刊优秀编辑质量奖（中国高等学校自然科学学报研究会颁，2009年10月）

(6) 云南期刊评选改革创新奖（云南新闻出版局颁，2009年8月）

(7) 全国高校优秀科技期刊评比二等奖（教育部科技司颁，2004年8月）

(8) 首届《CAJ-CD规范》执行优秀期刊奖（《中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据规范》执行评优活动组织委员会、中国学术期刊（光盘版）编辑委员会颁，2003年4月）

(9) 全国优秀高校自然科学学报及教育部优秀科技期刊一等奖（中华人民共和国教育部颁，1999年7月）

(10) 云南省第二届优秀科技期刊（云南省科委、云南省委宣传部、云南省新闻出版局颁，1997年8月）

(11) 全国高校优秀自然科学学报一等奖（国家教育委员会科学技术司颁，1995年12月）

(12) 云南省高校自然科学学报优秀学报一等奖（云南省教育委员会颁，1995年7月）

(13) 云南省首届优秀科技期刊（云南省科学技术委员会、中共云南省委宣传部、云南省新闻出版局颁，1992年11月）

(14) 全国高校自然科学学报优秀编辑质量三等奖（国家新闻出版署期刊司、国家教委科技司颁，1989年11月）

(15) 云南省高校自然科学学报优秀编辑质量二等奖（云南省教育委员会颁，1989年5月）